La prima forza di spedizione della Confraternita d'Acciaio, guidata dal paladino Leila Rahmani, arriva finalmente in Appalachia dopo poco più di tre mesi di viaggio attraverso gli USA a piedi. Inviata dall'Alto Anziano Roger Maxson, la Prima Forza di Spedizione cerca di ristabilire la presenza della Confraternita in Appalachia e di fornire assistenza alle persone che vivono lì, scoprendo cosa è accaduto ai loro predecessori.
La missione inizia automaticamente se il personaggio del giocatore è almeno di livello 20. Egli ascolterà la trasmissione di benvenuto della Confraternita d'Acciaio sul proprio Pip-Boy e visiterà Fort Atlas per incontrare di persona il Paladino Rahmani. Il primo obiettivo sarà parlare con Russell Dorsey, che è in piedi vicino a una tenda. Dopo avergli chiesto di parlare con i leader della Confraternita, ammette liberamente di essere la persona sbagliata con cui parlare e accenna al Cavaliere Shin, che si trova all'interno del forte. Dopo essere entrato nell'interno attraverso le doppie porte, l'Abitante del vault assiste alla conversazione tra il paladino Rahmani e il cavaliere Shin, durante la quale gli incarica di prendersi cura dei ricorrenti civili. Shawn si lamenta del fatto che il personale della Brotherhood confisca i suoi averi, Art vuole scambiare i prodotti in eccedenza della sua fattoria per proteggersi dai predoni, Doc Blackburn è alla ricerca di provviste difficili da trovare e Tally vuole acquisire dei "grossi cannoni lucenti".
Dopo essere tornato da Shin e avergli parlato delle richieste di ogni firmatario, diventa chiaro che non ha intenzione di occuparsene, indipendentemente dalle risposte scelte. Quindi si congratula per aver superato il test e promette di menzionarlo nella sua relazione al Paladino Rahmani, anche se consiglia di "perdere quei morbidi istinti civili" per il futuro. Il suo ultimo consiglio è di cercare lo Scriba Valdez più avanti all'interno dell'edificio. L'attivazione dello scanner darà accesso oltre la griglia laser della base.
Lo scriba Valdez incaricherà l'abitante di entrare all'interno della sottostruttura e spiegherà che l'obiettivo è trovare una documentazione che possa far luce sullo stato del progetto e sulla missione segreta dell'osservatorio. Una volta raccolta, Valdez chiederà un altro componente: la speciale bobina di induzione alla base del dispositivo ATLAS. Una volta rimossa, apparirà un componente misterioso e la sicurezza di ATLAS prenderà finalmente vita quando quel componente viene rimosso. Dopo averla sconfitta, non resterà che parlare con lo scriba Valdez. Ella valuterà lo stato dei componenti e sarà sorpresa nello scoprire il misterioso componente, ovvero una cella di alimentazione di ultracite che ha fornito al dispositivo ATLAS tutta la potenza necessaria per funzionare.
Dopo essere diventato un Iniziato, si affronteranno altre missioni in Appalachia: la prima è la difesa dei Putnam, alcuni civili fattori, affrontando un'infestazione di ghoul selvatici nella parte sud-occidentale della foresta. Ciò aiuterà anche a fare della CdA una presenza benefica nell'area, piuttosto che solo un'altra forza nemica. Marty e Colin, i due ragazzi della fattoria, si offriranno come candidati per la CdA e potremo scegliere chi proporre. Inoltre, bisognerà mediare con alcune Aquile Sanguinarie guidate da Dagger, che minacciavano costantemente un insediamento, Il Ritiro, con dei lanciarazzi rubati alla CdA. I leader della CdA incaricheranno l'Iniziato nel trovare l'origine dei lanciarazzi ad alta capacità che sono stati perduti perso durante un combattimento prima di arrivare in Appalachia. Parlando con i Predoni di Crater, ci spiegheranno che essi hanno vinto le armi in battaglia contro altri predoni ad ovest, mentre informandoci presso i Coloni di Foundation che essi le hanno acquistate. Così, l'abitante dovrà scendere a patti con loro per riaverle e riconsegnarle alla CdA.
Una volta risolta la questione delle armi, l'abitante del Vault 76 scoprirà, grazie allo scriba Valdez che la CdA potrebbe avere l'occasione per ricontattare la California tramite una trasmissione radio molto potente, rintracciando un segnale in un bunker dell'Enclave. Giunti al bunker, incontreremo S.O.D.U.S, il supercomputer dell'Enclave che ha da tempo perso i contatti sia con M.O.D.U.S del Whitespring, sia con i soldati e gli scienziati all'interno del bunker. Indagando sulla situazione scopriremo un laboratorio enorme e molto complesso, sede di esperimenti su ogni tipo di animale presente in Appalachia, compresa una falena gigante che oggi gli abitanti chiamano Uomo Falena. Il supercomputer S.O.D.U.S., turbato dalla nostra intrusione, deciderà di attaccarci, considerandoci una minaccia e liberando un Robot sentinella di massimo livello. Insieme al Paladino Rahmani e al Cavaliere Shin dovremo distruggere il robot e, tramite la potente cella di alimentazione ad ultracite accedere ai terminali e riattivare il segnale radio. Ad un tratto però, emergerà tutto il confronto tra la Paladina Rahmani e il Cavaliere Shin. I due si odiano profondamente dopo un evento che li ha divisi, ovvero la distruzione di una città ad ovest ad opera dei loro lanciarazzi e la perdita di un membro importante della loro spedizione. Da allora Shin non si fida più di Rahmani ed ella non vorrà riprendere i contatti con gli anziani della CdA californiana, in quanto temerà il loro giudizio e il sollevamento dall'incarico di tutti i membri della divisione appalachiana. Una volta ricontattati gli anziani, secondo Rahmani la CdA appalachiana cesserà di esistere e non avranno più la possibilità di aiutare pacificamente tutti gli abitanti a ricostruire la società. Gli anziani capirebbero che le tecnologie sono pericolose e si rinchiuderebbero nei loro bunker a proteggerle anziché ad utilizzarle per migliorare il mondo. A questo punto l'abitante dovrà scegliere con chi schierarsi, una volta fatta la scelta la Paladina Rahmani distruggerà comunque il terminale, facendo adirare il Cavaliere Shin. Il confronto si fa acceso tra i due ma un segnale da Fort Atlas li convince a ritornare.
Giunti alla base Atlas, scopriranno che i supermutanti si sono infiltrati nella sottostruttura tramite dei tunnel sotterranei, provenienti dalla West Tek e uccidendo molti iniziati. Grazie all'idea dello Scriba Valdez, l'Iniziato insieme a Rahmani e Shin piazzeranno delle cariche esplosive nei tunnel sotterranei, affrontando direttamente i supermutanti e bloccando l'accesso alle gallerie, facendole saltare in aria. Il confronto tra Rahmani e Shin continuerà al rientro alla base, davanti all'incredulità dello Scriba Valdez, che si ritirerà nel suo studio per riflettere sulla situazione. L'Alba d'Acciaio della Confraternita nell'Appalachia inizierà dunque con il piede sbagliato, gettando ombre sui due leader, ognuno dei quali sarà mosso da idee e ambizioni completamente diverse, alimentando un conflitto che sembra ormai prossimo a Fort Atlas.